Fundado como partido en 1889 y su nombre es un homenaje de evocación al Combate de Pehuajó, en la Guerra del Paraguay. El 10 de enero de 1903 se declaró ciudad a Pehuajó. El nombre es de origen Güaraní, significa estero profundo, sitio cenagoso de aguas oscuras. Desglosando la palabra sería: PE (chato-aplanado); GUA (sincopado); HUGUAL (fondo); HO (ido, ir, pasar), lo que traducido literalmente sería: fondo plano que se va, en referencia a lo movedizo e inestable. La curiosidad es que los guaraníes no habitaron esta región y tampoco componen esteros el suelo pehuajense, por lo que el nombre ha sido dado por un arroyo, el Arroyo Peguajó, ubicado en Corrientes al margen del Paraná, en el que se libró una sangrienta batalla entre el ejército de Buenos Aires y el Paraguayo, en el que estuvo presente el Dr. Dardo Rocha.