El partido, creado por Ley en 1886 junto con los de Puán, Adolfo Alsina, Guaminí, Trenque Lauquen y General Villegas, debe su nombre al piloto naval Basilio Villarino, explorador de la Patagonia entre 1778 y 1885. En 1888 Manuel Sequeiro Lastra se convirtió en el primer mandatario municipal. Inicialmente la sede del partido se ubicó en "La Laguna de Aufracio" luego se trasladó a Villarino viejo (en las inmediaciones de Cuatreros, cerca de Bahía Blanca) y a principios de siglo se desplazó definitivamente hacia Colonia Médanos.