Su origen se remonta a 1752 cuando se instaló la Compañía de Blandengues "La Valerosa", al mando de José de Zárate. Dos años después se levantó el fuerte "Guardia de Luján", a siete leguas al oeste de la villa homónima. En 1779 el Virrey Vértiz modificó la línea de la frontera y el Capitán Nicolás de la Quintana trasladó el fuerte hacia donde hoy se encuentra el palacio municipal y fundó el pueblo en 1780. En 1865 el pueblo de Villa Mercedes –que tomó ese nombre en honor a la Virgen de la Merced- fue declarado ciudad. El partido tiene la particularidad de ser una de las pocas ciudades de Argentina en la cual convergen tres líneas ferroviarias, uniéndola a los grandes centros de consumo del interior y del exterior.